新冠疫情在全世界的大规模流行正在对整个世界的经济包括碳市场造成影响。
在疫情期间，由于工厂生产水平和交通运输量的大幅度下降使得碳排放量也大幅减小。同时，生产水平的下降导致企业对于排放配额的需求降低，导致了排放配额价格的暴跌。据新闻报道，世界最大的碳排放交易市场—欧盟排放交易市场（EU-ETS）的碳价自三月初以来已经下跌了百分之四十。当前交易的价格在每公吨16-18欧元之间，仅为2019年高位的每公吨29欧元的三分之二。
有研究者指出，由于新冠疫情造成的温室气体排放量可能只是短暂的阶段，当全球经济开始复苏并恢复生产，碳排放量很可能会恢复正常。欧盟碳价的稳定是实现逐步淘汰煤炭目标的基础。当新冠疫情结束后，欧盟碳交易市场需要加强市场稳定储备(The Market Stability Reserve) (MSR)改革，以应对未来无法预料的冲击，稳定碳市场价格。
对于国内碳市场，最直接的影响是多数试点省市的核查和碳市场的建设工作有所推延。北京环境交易所总裁梅德文在线上讲座中发表看法，认为“短期的碳定价取决于需求，长期的碳定价取决于供给（碳排放配额）。由于疫情的冲击，短期碳市场表现会大概率疲软，但当疫情结束后长期碳的价格还是取决于全球环境治理的进展。”
