作为构建国家、行业及实体制定管理与政策决策的基础，碳排放量的信息是至关重要的。为确保环境完整性并建立市场信任与信心，必须通过对所有实体实施统一规定确保市场参与者满意。有鉴于此，市场监管者必须采集详实、全面的实际排放量数据，并辅以持续的监测、报告及核查。这一点对碳税而言同样适用。该程序被称为监测、报告及核查（MRV）制度。碳排放交易体系的另一难题是，确定负责数据采集的部门：由国家统一采集还是由排放实体自行负责。尽管企业容易获得自身信息，但存在少报或漏报的动机。因此，国家或其他系统的行政部门需要审计与执法/惩罚机制提供辅助。
监测排放有两种基本方式：[1]直接、持续的测算方式；[2]根据活动变量（例如燃料使用量及其相关排放因子）进行推估的测算方式。由于必须安装并持续运行精良技术设备[连续排放监测系统（CEMS）]，用以避免计算造成的数据不确定性，因此，直接测算成本十分高昂。总体而言，上述两类测算方式均具有稳定可靠的特征，因此适用于碳排放交易体系框架下的监测任务。
核查可经由政府机关或某一独立第三方核查机构执行。根据采用的测算方式，核查方参照活动数据与燃烧效率因素（或对比核查），检查仪器或核查计算，确保方法正确。
只有企业完全遵从排放总量与市场机制的规定（要求各方遵守规定并对排放交易体系的法规制度建立信心），才能全面实现排放交易带来的经济效益与环境效益。有鉴于此，规定相关惩罚性措施的执行机制应成为排放交易体系的核心要素。只有当监管机构无需定期强制执行此类措施而仅借助其威慑作用实现排放交易体系正常运行时，此类措施方可实现最佳效果。因此，惩罚性措施应具有严厉、有效、易于实施的特征。惩罚性措施可采取多种形式，例如经济处罚，未来阶段引入更加严格的减排要求，要求减少排放量并交出排放配额，亦可综合使用上述措施。实行惩罚性措施至关重要，因此应将此类措施作为自动机制纳入排放交易体系。此举可防止决策过程产生的漏洞、豁免及例外干扰体系正常运行。
