“分配”是指在设定排放总量、确定体系的适用范围、覆盖行业和监管单位后向市场参与者分发配额。由于配额具有市场价格，因此其整体价值甚为可观。配额的分配可为高度政治化的进程，涉及诸多考量因素。通常存在两类配额分配的基本机制：免费分配与拍卖。排放配额可通过“祖父法”（grandfathering）或基准法（benchmark）进行免费分配。“祖父法”指以某一给定基准期的历史排放水平为主要考量的分配方式，基准法则是根据某一给定产品组或行业的绩效评价确定排放配额的分配方式。拍卖法允许政府通过拍卖方式分配配额。这种分配方式提供了价格发现机制，并通过为政府创收提供额外公共资金，以用于进一步实施气候保护措施或补偿消费者因碳价而产生的额外成本。
免费分配有助于解决对竞争力的担忧（如碳泄漏）以及降低碳价对消费者的负面经济影响。根据基准法分配免费配额有助于奖励先期减排行动：给予业已实现有效减排的企业主体更多的免费配额。拍卖具有实现碳市场的价格发现功能，并最终可确保配额分配的透明度。由于拍卖给出有关实际减排成本与实际碳价格的清晰讯号，并降低投资决策难度，因此，理论上拍卖是最具环境效益的分配方式。此外，设计能够确保不同行业间不出现竞争扭曲现象的免费配额分配方式难度很大。
