欧盟排放交易体系与联合实施和清洁发展机制项目“挂钩”，因为它允许有限地使用其中的“抵消额度”。允许参与公司使用2005年以后的某些认证减排单位（CER）和2008 年以后使用的减排单位（ERU）。每个成员国的国家分配计划必须指定国家分配的百分比，作为CER和ERU的上限可以使用。不得使用核设施以及土地利用，土地利用变更和林业产生的 CER和ERU 。
允许信用自由交易的理论上的主要优点是，它允许以最小的成本进行缓解。这是因为减排的边际成本（也就是说，防止向大气中排放一吨额外的CO 2 e的增量成本）在不同国家之间存在差异。在英国的气候变化政策方面，CCC（2008）指出了三个反对过于依赖信用的论点：
富裕国家需要证明低碳经济是可能的，并且与经济繁荣相适应。这是为了说服发展中国家降低排放量。此外，富裕国家的国内行动推动投资向低碳经济发展。
一个雄心勃勃的长期减排目标，例如到2050年英国减排80％，要求在2020年和2030年之前在国内取得重大进展以减少排放。
清洁发展机制信用额度本质上不像限额交易系统那样健壮，后者要求减少总排放量。
由于经济不景气，各州已成功推动在2012年后对CDM / JI信用额度使用更为慷慨的方法。[104] [ 需要署名 ] 2009年EU ETS修订指令指出，在2008-2020年期间，信用额度最多可用于欧盟范围内低于现有行业2005年水平的减排量的50％。[105]此外，有人争辩说，尽管有补充性要求，但如果在欧盟排放交易体系中从第二阶段（2008-2012年转移到第三阶段2013- 2020年）转移到清洁发展机制/联合信贷额度，则会破坏其环境效力。在《京都议定书》中。[106]
2011年1月，欧盟气候变化委员会于2013年5月1日起在欧盟排放权交易计划中禁止使用HDM-23销毁CDM 认证的减排单位。该禁令包括己二酸生产中的一氧化二氮（N2O）。给出的原因是不正当的激励措施，缺乏额外性，缺乏环境完整性，《蒙特利尔议定书》的破坏，成本和无效性以及先进发展中国家中一些项目获得的CER过多的扭曲作用。
